Wdrożenie obowiązkowego KSeF w sposób istotny zmienia dotychczasowy model pracy z fakturami – zarówno po stronie ich otrzymywania, jak i rozliczania VAT. W praktyce oznacza to konieczność dostosowania procedur wewnętrznych do nowych zasad funkcjonowania faktur ustrukturyzowanych, w szczególności w zakresie momentu powstania prawa do odliczenia VAT oraz zasad ujmowania faktur korygujących.

Zmiany te generują szereg nowych, często nieoczywistych zagadnień praktycznych, takich jak: rozliczanie i ewidencjonowanie faktur korygujących w KSeF (w tym korekty wieloetapowe, „zerowania” faktur czy korekty błędów formalnych); ustalanie skutków podatkowych różnych typów korekt w ewidencji VAT oraz rozstrzyganie praktycznych wątpliwości pojawiających się w bieżącej pracy działów księgowych.

Równolegle kluczowym obszarem zmian jest praktyka odliczania VAT naliczonego po wdrożeniu KSeF, obejmująca m.in. ustalanie momentu otrzymania faktury, rozliczanie dokumentów przekazywanych równolegle różnymi kanałami, a także odliczenia w przypadku błędów na fakturach czy oparcia się na wizualizacji dokumentu przed jego udostępnieniem w systemie.

Dla jednostek takich jak JST i ich jednostek organizacyjnych (JO) zmiany te mają szczególne znaczenie ze względu na rozbudowaną strukturę organizacyjną i wieloetapowy obieg dokumentów, co zwiększa ryzyko rozbieżności pomiędzy momentem formalnego otrzymania faktury w KSeF a jej faktycznym ujęciem w procesach księgowych.